Kota Jayapura memiliki luas wilayah 940 km2 yang terbagi menjadi lima distrik. Wilayahnya berbatasan dengan Samudera Pasifik di sebelah Utara, Kabupaten Keerom di sebelah Selatan, Kabupaten Jayapura di sebelah Barat, serta Negara Papua Nugini di sebelah Timur. Kota Jayapura terletak di tepi Teluk Yos Sudarso dan Teluk Yotefa, menyuguhkan keindahan panorama alam dengan kontur berbukit-bukit serta pemandangan hamparan Lautan Pasifik.
Letak Kota Jayapura yang berbatasan dengan Negara tetangga Papua Nugini, Filipina, Fiji, dan Vanuatu, membuat kota ini sangat strategis dan termasuk salah satu kota pusat perdagangan dan industri di kawasan Indonesia Timur.
Kota Jayapura memang memiliki beragam fungsi. Citra sebagai ibu kota Provinsi Papua dan pusat administrasi pemerintahan, menjadikan kota Jayapura dilengkapi sarana pendukung yang menawarkan kemudahan dibandingkan daerah lainnya di Provinsi Papua. Hal ini menyebabkan kota ini menjadi pilihan sebagai tempat tinggal masyarakat Papua.
Perkembangan Kota Jayapura sebagai kota sentra perdagangan adalah akibat berkumpulnya komoditas berupa hasil-hasil pertanian dan produk industri rumah tangga dari berbagai daerah, baik dari kabupaten-kabupaten di Provinsi Papua, maupun dari luar wilayah Provinsi Papua. Berbagai komoditas tersebut kemudian didistribusikan ke daerah-daerah lain di Provinsi Papua selain di Kota Jayapura itu sendiri.
Untuk melancarkan kegiatan masyarakat Kota Jayapura serta daerah lain, diperlukan sarana dan prasarana yang memadai. Untuk itu, berbagai jenis moda angkutan yang tersedia siap mengangkut penumpang maupun barang ke daerah-daerah yang terjangkau.
Bagi keperluan transportasi di dalam kota Jayapura serta transportasi dari dan ke kota Jayapura, tersedia angkutan kota dengan trayek antar wilayah yang menjangkau daerah-daerah sekitar yang memungkinkan untuk dicapai dengan angkutan darat, Sedangkan, untuk keperluan transportasi melalui laut, masyarakat dapat menggunakan jasa angkutan kapal-kapal penumpang dan kapal-kapal barang di pelabuhan laut yang dikelola oleh PT Pelabuhan Indonesia Wilayah IV Cabang Jayapura. Selain itu masyarakat juga dapat menggunakan jasa angkutan pesawat terbang.
Penerbangan dari dan ke Jayapura harus melalui Bandara Sentani yang terletak di wilayah Kabupaten Jayapura. Bandara Sentani berjarak sekitar 33 kilometer dan dapat ditempuh dalam waktu 30-45 menit dengan mobil. Tersedia taksi bandara yang dapat digunakan untuk perjalanan sampai ke pusat kota. Banyak dari pendatang baik turis, pebisnis, pejabat dan pegawai pemerintahan yang datang ke Provinsi Papua, akan singgah dan menginap di Kota Jayapura.
Selain berperan penting sebagai pusat administrasi dan sentra dagang di Provinsi Papua, Kota Jayapura juga memiliki potensi wisata. Di wilayah Kota Jayapura terdapat berbagai obyek wisata pantai seperti Pantai Base-G, Pantai Hamadi, Pantai Holtekamp, dan Pantai Skow yang menyimpan potensi pariwisata. Ada pula obyek wisata kultural semacam museum budaya dan obyek wisata peninggalan Perang Dunia II
