Waropen merupakan pemekaran dari kabupaten Yapen Waropen pada tahun 2003. Kabupaten Waropen memiliki luas wilayah 10.843,97 km2. Terbagi menjadi 12 kecamatan. Wilayahnya sendiri berbatasan dengan Selat Saireri dan Kabupaten Kepulauan Yapen di sebelah Utara, Kabupaten Puncak Jaya, Kabupaten Paniai dan Kabupaten Nabire di sebelah Selatan, Kabupaten Mamberamo Raya di sebelah Timur serta Selat Saireri dan Kabupaten Kepulauan Yapen di sebelah Barat.
Pemutar roda perekonomian ini terletak pada sektor kehutanan, Saat ini tak kurang dari 9.500 hektar hutan di atas bumi Waropen, sebanding dengan 57 persen wilayah kabupaten ini. Dari angka itu, lebih dari separuh hutan yang berada di pesisir Selat Saireri berstatus hutan produksi dengan potensi kayu yang cukup besar. Kayu-kayu bulat yang telah diolah di Pulau Yapen dikapalkan ke Jepang dan benua tetangga, Australia. Berbagai komoditas hasil hutan nonkayu seperti damar, rotan, kulit mahoni, gaharu dan nipah telah menjadi komponen utama dalam sektor kehutanan.
Tanaman yang tidak memerlukan banyak air menjadi pilihan masyarakat Waropen untuk dibudidayakan. Ubi kayu, ubi jalar, dan tanaman palawija lebih diminati di daerah pinggir Selat Saireri. Tanaman kacang merah merupakan salah satu komoditas terbesar yang dihasilkan petani. Produksi kacang merah lebih banyak untuk konsumsi sehari-hari penduduk lokal. Lahan untuk persawahan secara teknis tidak ada. Padahal dari segi pengairan, peluang pengembangan persawahan cukup besar. Kehadiran Sungai Membramo dan Sungai Wapoga bisa saja menjadi sumber irigasi. Memang, padi bukanlah satu satunya komoditas konsumsi bagi penduduk, masih ada sagu, ubi kayu dan ubi jalar. Apabila dilihat dari luas wilayah serta jenis tanah, Waropen berpotensi untuk pengembangan tanaman perkebunan. Menurut catatan, masih tersedia lahan potensial sekitar 196.000 hektar. Namun areal yang telah diusahakan untuk menanam seperti kelapa, kakao, kopi, kelapa sawit, lada dan vanilli baru sekitar satu persen dari lahan potensial yang ada.
Peluang menggarap sektor perikanan laut sangatlah besar. Tak kurang dari 2.000 rumah tangga nelayan tersebar di tiga kecamatan yang menggantungkan sumber nafkah di laut. Sampai saat ini, alat tangkap mereka masih sederhana dan hasilnya umumnya hanya untuk konsumsi rumah tangga atau pasar lokal. Suatu saat nanti, bila alat tangkap dan perahu nelayan dapat dimutakhirkan, bukan tak mungkin nelayan memperoleh hasil lebih banyak.
Dengan kondisi yang serba terbatas, tugas Pemerintah Kabupaten Waropen di masa depan sangat menantang. Apalagi alat-alat komunikasi, seperti telepon, jarang ditemui di kabupaten ini di samping sulitnya transportasi. Tak heran, berbagai dinas dan instansi pemerintah di Waropen sulit dihubungi.
Suku-suku terasing yang biasa hidup berpindah-pindah masih banyak dijumpai jauh di dalam hutan. Suku-suku yang populasinya relatif besar, antara lain, adalah suku Baudi di Kecamatan Waropen Atas serta suku Demisa dan suku Wairate di Kecamatan Waropen Bawah.
Daratan yang masih tertutup hutan lebat, ditambah morfologi perbukitan, menyebabkan sebagian besar desa sulit dijangkau. Jalan aspal hanya tersedia di sekitar pusat pemerintahan di Botawa. Jalan-jalan ke daerah lain, terutama di tenggara yang berbatasan dengan Kabupaten Puncak Jaya, kondisinya buruk.
Karena keterbatasan prasarana jalan raya, sampai saat ini masih digunakan transportasi air untuk mencapai Kecamatan Waropen Atas ataupun Masirei. Melewati Selat Saireri terlebih dahulu kemudian masuk melalui Sungai Membramo untuk sampai ke Kecamatan Waropen Atas, ataupun melalui sungaisungai kecil menuju Kecamatan Masirei.
Sulitnya transportasi inilah yang juga menghambat perdagangan hasil bumi penduduk transmigran. Keluarga-keluarga yang bermukim di dekat Botawa, Kecamatan Waropen Bawah, harus membawa hasil panen ke pelabuhan di kecamatan yang sama, lalu menumpang kapal bermesin 60-80 PK selama tiga jam untuk sampai ke Pulau Yapen. Barang dagangan dipasarkan di Serui.
Kebutuhan pokok, seperti beras yang didatangkan dari Pulau Jawa dan Sulawesi, harus melewati Serui, baru dikapalkan lagi melintasi Selat Saireri ke daratan Waropen. Tak heran, harga berbagai komoditas di kabupaten ini lebih mahal dibanding di Serui.
