Kabupaten Jayapura terbagi menjadi 19 distrik dengan luas wilayah 17.514 km2 dengan Sentani sebagai ibu kota Kabupaten. Wilayahnya berbatasan dengan Samudera Pasifik di sebelah Utara. Kabupaten Pegunungan Bintang, Kabupaten Yalimo dan Kabupaten Yahukimo di sebelah Selatan, Kota Jayapura dan Kabupaten Keerom di sebelah Timur, serta Kabupaten Sarmi di sebelah Barat.
Sebagaimana iklim di wilayah Indonesia pada umumnya, Kabupaten Jayapura beriklim tropis, dengan temperatur rata-rata 25-35°C. Di daerah pantai temperatur rata-rata sekitar 26°C, sedangkan di daerah pedalaman temperaturnya bervariasi sesuai ketinggian dari permukaan laut. Karena pengaruh angin, perbedaan musim hujan dan musim kering hampir tidak ada. Pada bulan Mei-Nopember angin bertiup dari tenggara yang kurang mengandung uap air, sedangkan bulan Desember-April bertiup angin musim barat laut yang banyak mendatangkan hujan. Curah hujan berkisar antara 1.500-6.000 mm/tahun. Dengan jumlah hari hujan dalam setahun rata-rata 159-229 hari, curah hujan tertinggi terjadi dipesisir pantai utara sedangkan terendah di daerah pedalaman (sekitar wilayah Kemtuk Gresi-Nimboran).
Topografi wilayah Kota Jayapura bervariasi dari dataran rendah di wilayah pantai hingga daerah berbukit di ketinggian 700 meter di atas permukaan air laut. Wilayah perbukitan terjal, rawa-rawa, dan hutan lindung dengan kemiringan 40 persen merupakan daerah yang tidak layak huni. Kondisi seperti itu membuat penyebaran penduduk kurang merata. Penduduk banyak terkonsentrasi di pusat kota, yaitu Distrik Jayapura Utara dan Jayapura Selatan.
Distrik Nimboran dan Nimbokrang menjadi sentra penghasil padi bagi Kabupaten Jayapura dan wilayah sekitarnya. Sekitar 80% produksi padi Kabupaten Jayapura dihasilkan oleh kedua kecamatan tersebut. Itu sebabnya padi menjadi komoditas andalan. Hal ini tidak berarti mengecilkan arti sagu sebagai makanan pokok penduduk asli. Produksi sagu justru lebih besar dibandingkan dengan padi. Buah – buahan seperti jeruk siam dan pisang barangan juga menjadi komoditas perdagangan Kabupaten Jayapura. Dua jenis buah ini banyak dikembangkan di Distrik Nimboran, Nimbrokan, Kemtuk Gresie, Kemtuk, dan Sentani Barat.
Pemanfaatan hasil hutan merupakan pendorong kedua setelah tanaman bahan pangan. Wilayah lahan Kabupaten Jayapura masih sarat dengan hutan belantara. Sekitar 94% penggunaan lahannya berupa hutan yaitu seluas 5.48 juta hektar. Hasil hutan Kabupaten Jayapura diantaranya kayu gelondongan, jati dan rimba. Di sekitar Sungai Mamberamo terdapat potensi pertambangan yang belum dikelola, yakni gas alam, batu bara, dan emas. Selain itu masih ada potensi lain seperti perkebunan kelapa sawit yang tersebar di Arso, 40 kilometer dari Jayapura, di Lereh, Bonggo, Sarmi, juga Mamberamo
